Việc quá lạm dụng thuốc bảo vệ thực vật, phân bón, kháng sinh, chất kích thích tăng trường, hóa chất bảo quản nông, lâm, thủy sản, chất thải chăn nuôi, giết mổ, tiêu hủy gia súc, gia cầm, chất thải làng nghề… đang làm cho vấn đề ô nhiễm môi trường nông nghiệp ngày càng nghiêm trọng.
Trên địa bàn tỉnh, có khoảng 257 nghìn ha diện tích đất canh tác cây trồng các loại thì lượng hóa chất bảo vệ thực vật, phân bón vô cơ ước sử dụng khoảng 180 nghìn tấn phân bón và 1.750 tấn hóa chất bảo vệ thực vật, ước phát sinh 219 tấn bao bì thuốc bảo vệ thực vật. Sau khi sử dụng bao bì thuốc bảo vệ thực vật, người dân vẫn có thói quen vứt tùy tiện trên bờ ruộng, xuống mương, xuống suối đã gây ảnh hưởng không nhỏ đến môi trường tự nhiên. Bên cạnh đó, việc canh tác không theo quy trình sản xuất an toàn làm xuất hiện tồn dư lượng phân bón, hóa chất bảo vệ thực vật và kích thích sinh trưởng trong hoạt động sản xuất nông nghiệp gây ô nhiễm nguồn nước và suy thoái tài nguyên đất. Hoạt động sản xuất của các làng nghề cũng có nguy cơ lớn gây nên sức ép về rác thải sinh hoạt, rác thải sản xuất và ô nhiễm tiếng ồn.
Nhận biết được tầm quan trọng của công tác bảo vệ môi trường, góp phần thực hiện thành công cơ cấu lại nông nghiệp theo hướng bền vững, thời gian qua công tác bảo vệ môi trường trong nông nghiệp, nông thôn được ngành quan tâm thực hiện. Ngành chức năng thường xuyên tuyên truyền, vận động, hỗ trợ các hộ chăn nuôi, giết mổ, chế biến, kinh doanh sản phẩm động vật thực hiện nghiêm các biện pháp xử lý chất thải đảm bảo vệ sinh môi trường. Thường xuyên tổ chức các cuộc thanh tra, kiểm tra điều kiện vệ sinh thú y và an toàn vệ sinh thực phẩm tại các cơ sở giết mổ và cơ sở chăn nuôi gia súc, gia cầm, kịp thời chấn chính và xử lý các trường hợp vi phạm.
Định kỳ hằng năm, lực lượng thú y đều tổ chức thực hiện các đợt tiêu độc, khử trùng chuồng trại và môi trường xung quanh, hướng dẫn các hộ và trang trại thu gom, xử lý chất thải nguy hại (như vỏ chai thuốc thú ý, thuốc sát trùng, vỏ vắc xin…nhằm phòng chống dịch bệnh cho đàn vật nuôi cũng như bảo vệ môi trường chăn nuôi, môi trường sinh thái. Tăng cường triển khai công tác kiểm tra, kiểm soát việc xả chất thải chăn nuôi ra môi trường, xử lý nghiêm các hành vi vi phạm sẽ góp phần bảo vệ môi trường chăn nuôi, môi trường sống của con người.